Устройството на Българската православна църква е йерархично и просто за описание. Най-малката единица е енорията с храм и свещеник. Над нея е епархията начело с митрополит, а над всички — Светият синод, който заседава в София и се състои от всички епархийски митрополити. Патриархът председателства синода и е първи сред равните: той не управлява сам, а води заседанията и представлява църквата пред държавата и пред другите поместни църкви.
Броят на епархиите е 13 в страната и две извън нея. Всяка епархия има своя митрополитска катедрала, духовен съд и администрация, която събира такси, управлява имоти и поддържа храмове. Енориите са около 2600, а свещениците — около 1500, което означава, че в много села един свещеник обслужва няколко храма и пътува между тях. Това е и една от причините църковният живот в малките населени места да зависи толкова силно от личността на конкретния свещеник.
Кадрите се подготвят в духовната семинария в София и в богословските факултети. Семинарията дава средно образование с профил по богословие, а университетът — висше. Освен това църквата разчита на манастирите като центрове за обучение на монаси и за издателска дейност. Църковните издателства печатат богослужебни книги, календари, жития и учебници, а енорийските библиотеки често са единственото място, където тези книги се намират извън София.