Рила е водна планина не защото вали повече, а защото задържа. Площта ѝ е 2 629 квадратни километра, средната височина — 1 487 метра, а най-високата точка, Мусала, е 2 925 метра. На тази височина зимата е дълга, снегът пада в количества, които планината не успява да отдаде веднага, и се топи постепенно до късно през пролетта. Под повърхността лежат гранит и стари метаморфни скали, които почти не пропускат вода; тя се задържа в почвата, в мъха, в езерата и в пукнатините и после излиза на определени места. Така една планина се превръща във водосбор на половин България.
Днешната форма на Рила е дело на леда. Преди 10–12 хиляди години снежната граница е била на 2 100–2 200 метра и малки ледници са се спускали по северните склонове. Те са издълбали циркуси, изправили са стените им и са оставили морени — насипи от камък и глина, които днес се срещат от 1 100 до над 2 100 метра. Точно тези морени играят ролята на бентове. В циркусите са се събрали над 200 езера; най-голямото на Балканите е Смрадливото на 2 294 метра — 212 декара, 24 метра дълбоко, овално като леген. Седемте рилски езера са само най-известната редица, а Леденото езеро под Мусала е сред най-високите на полуострова.
От Рила извират три от най-големите реки на Балканите. Искър се образува от Черни и Бели Искър при 1 047 метра и стига Дунав след 368 километра; Марица започва от Маричините езера на 2 378 метра; Места слиза на юг към Егейско море. Наклонът е голям и това се вижда: в горните си километри Марица губи стотици метри и образува бързеи и водопади, Рилска Скакавица пада 70 метра на 1 950 метра надморска височина, а страничните долини висят високо над главната, защото ледникът в тях е свършил работата си по-рано.