Боянската църква е малка сграда с голяма история на преустройства. Най-старата ѝ част е кръстокуполна църква с една апсида, строена в X–XII век; втората е пристроена през XIII век от севастократор Калоян, а третата, най-западната, е добавена през 1882 година. Двете средновековни части са свързани в едно тяло, но живеят различен живот: долният етаж е крипта, а горният — семеен параклис.
Типът е рядък и има ясна функция. Двуетажната църква-гробница събира в една сграда гробница на долния етаж и параклис на горния — така един феодален род решава два проблема наведнъж: къде да погребва мъртвите си и къде да се моли за тях. Затова храмът е и частен, и публичен, а стенописите трябва да говорят едновременно за семейството и за вярата.
Стенописите от 1259 година са втори слой: те покриват по-стара живопис от XII век. Броят им е около 240 изображения, разпределени в няколко реда, а редът не е случаен — той описва йерархията на небето и на земята. В олтара е службата на ангелите, в наоса — празниците, а в притвора — житието на св. Никола, патрон на храма, в осемнадесет сцени.