Природонаучното образование има особен проблем: то трябва да преподава едновременно факти и начин на мислене. Фактите се проверяват лесно с тест, а начинът на мислене — трудно. Затова системите често избират първото и получават ученици, които знаят определението за контролна група, но не могат да познаят контролна група в описание на реален експеримент. Програмата е широка, а часовете — малко.
Българската програма е традиционно енциклопедична. В пети и шести клас „Човекът и природата“ смесва три науки, а после те се раздалечават: биология, физика и астрономия, химия и опазване на околната среда. Ученикът среща атома в химията, силата във физиката и клетката в биологията, без непременно да види, че това са слоеве на един и същ свят. Междупредметните връзки се декларират, но рядко се изпитват. Затова преходът към отделните предмети често е рязък.
PISA измерва точно приложението. През 2022 година България получава 421 точки по природни науки при средно 485 за ОИСР и е на последно място в Европейския съюз. Това не означава, че учениците не знаят нищо; означава, че по-трудно обясняват данни, разпознават променливи и оценяват доказателства. Тези умения се тренират с въпроси, а не с преразказ на урока. Това е и разликата между оценка и разбиране.