Висшето образование в България започва с една институция. На 1 октомври 1888 година в София отваря врати Висшето училище, чийто пръв ректор е филологът Александър Теодоров-Балан. Първоначално то подготвя учители и има само няколко специалности, но през 1904 година се превръща в университет и получава името на Климент Охридски. До Втората световна война това е единственият университет в страната.
След 1944 година системата се разширява бързо и по модел. Медицинският факултет се отделя в самостоятелна медицинска академия, инженерните специалности се събират в политехнически институт — днешния Технически университет в София, а в Пловдив, Варна и Велико Търново се създават висши училища. В същите десетилетия академията изгражда своите институти. Така се оформя двойна структура: университети, които преподават, и институти, които изследват.
Двете системи не са равностойни по ресурс. Институтите на БАН получават апаратура, сгради и щатни места за изследвания, докато университетите носят тежестта на обучението на десетки хиляди студенти. Преподавателят в университета често работи и по проект, и по лекции, и по администрация. Изследователят в институт рядко води задължителен курс. Това разделение има предимства, но и създава конкуренция за едни и същи хора: един добър математик или биолог трябва да избира между лекции и лаборатория, вместо да прави и двете.