Покръстването от 864 година не е внезапно решение. Борис I е водил войни с Византия и с франките и е видял, че езическата държава е в неравностойно положение спрямо християнските си съседи. Християнството дава на владетеля законност, дипломатическо равенство и възможност да управлява чрез епископи, които са образовани и лоялни. То обаче носи и риск: църквата може да стане инструмент на чуждо влияние. Затова Борис се стреми към самостоятелна църковна организация, а не само към нова вяра.
Съпротивата на аристокрацията е силна, защото покръстването променя обичаите и намалява властта на старите родове. През 865 година избухва въстание на първенците, което Борис потушава сурово. Изборът на архиепископ също е предмет на спор: Борис иска кандидат, който не е пряко подчинен на Цариград, и дори се обръща към Рим. През 870 година, на събор в Цариград, България получава автономна архиепископия под върховенството на патриарха, но с право сама да избира архиепископа си.
През 927 година, след дълги войни и трудни преговори, Византия признава българската църква за патриаршия. Първият патриарх е Дамян, а седалището е в Преслав, после в Дръстър. Признанието е част от мирния договор между цар Петър I и Византия и показва, че църковният статут е политическа валута. Патриаршията съществува до 1018 година, когато Василий II завладява България и я заменя с Охридската архиепископия, начело с гръцки архиепископи.