Всеки човек носи със себе си повече бактериални клетки, отколкото свои. Те живеят по кожата, в устата, в червата и вършат работа, за която никой не им плаща. Разграждат неща, които ние не можем, произвеждат вещества, които ни трябват, и обучават имунната система кого да атакува и кого да остави. Идеята, че тялото е затворена система, е удобна и невярна. По-точно е да се каже, че сме екосистема с един главен нервна система и много наематели. Затова грижата за тялото е и грижа за общност, която не виждаме.
Съставът на тази екосистема се влияе от много неща. Диетата е най-очевидната: различните храни подхранват различни микроби. Антибиотиците действат като горски пожар — убиват и полезните, и вредните, и след това теренът се възстановява различно. Сънят, стресът, възрастта и начинът на раждане също имат значение. Важно е обаче да се каже, че посоката на влияние не е еднопосочна: микробите влияят на нас, ние влияем на тях, и отделянето на причина от следствие е трудно. Затова е трудно да се каже кое е причина и кое следствие, когато всичко си влияе.
Механизмите, които се обсъждат, са няколко. Микробите произвеждат късоверижни мастни киселини, които хранят клетките на червата и влияят на имунните реакции. Те се конкурират с патогени за място и храна, което е форма на защита. Те участват в преработката на жлъчни киселини и на някои лекарства, което променя колко от даденото вещество стига до кръвта. Има и сигнали, които стигат до нервната система, макар връзката с настроението да е по-слабо доказана, отколкото се твърди. Ето защо механизмите са правдоподобни, но връзките им с болестите често са по-слаби, отколкото се твърди.